Na presnú druhovú identifikáciu parazitov sa používa PCR metóda (polymerase chain reaction). Patrí k najčastejšie používaným molekulárno-biologickým metódam. Je to jednoduchá metóda, ktorej princípom je namnoženie (amplifikácia) určitého úseku génu zo vzorky DNA.
Na vykonanie PCR potrebujeme: vzorku vyizolovanej DNA, primery (sú to krátke úseky synteticky pripravených oligonukleotidov o dĺžke 20-30 nukleotidov, ktoré nasadajú na začiatku a na konci detekovaného úseku DNA), termostabilnú DNA-polymerázu, tlmivý roztok s Mg2+ a prekurzory DNA v rovnakom pomere dNTP (dATP, dCTP, dTTP a dGTP). Všetky komponenty do PCR reakcie sa pripravujú v mikroskúmavke, ktorú potom vložíme do prístroja – termálneho cykléru. Amplifikácia DNA prebieha v troch na seba nadväzujúcich krokoch, ktoré sa cyklicky opakujú.
- a) Denaturácia – tepelná denaturácia (oddelenie dvoch vlákien od seba) pri teplote 95°C
- b) Hybridizácia (Anelácia) – hybridizácia (nasadanie) primerov s templátovou DNA na komplementárnych miestach pri teplote cca 45-65 °C
- c) Polymerizácia – zvýšením teploty na 72°C pomocou Taq-polymerázy sa syntetizuje komplementárne vlákno z voľných dNTP
Detekciu získaného PCR produktu vykonávame pomocou elektroforézy na agarózovom gély a vizualizujeme farbením a ožiarením UV svetlom.
Na identifikáciu druhov sa používajú aj iné variácie PCR metódy: ako napr. Nested-PCR, multiplex PCR, PCR/RFLP, real-time PCR alebo RT-PCR.
Výsledný produkt PCR môžeme sekvenovať Sangerovou metódou pomocou sekvenátora a získame sekvencie úsekov konkrétnych génov, ktoré porovnávame so sekvenciami génov v databáze NCBI (GenBank), pričom získame informáciu o aký druh parazita sa jedná.